'재특회'의 과격행동에 대해서 일본의 일부 보수신문들은 묵인하는 태도를 보이고 있다. 경찰도 중립적 입장이라며 이들의 행동을 적극적으로 제지하지 않는다. 그러나 일본의 양심 있는 지식인들은 이들의 행위에 제동을 걸고 나섰다. 민족차별과 인종차별 항의운동에 ‘마에다 아키라 교수(도쿄造形대)’나 「한일병합 100년의 식민지 청산을 생각하는 시민단체」들도 적극적으로 참가했다.
'재특회'의 과격행동에 대해 200 명 이상의 시민들이 자발적으로 모여서 재일교포 문제가 아닌 ‘함께 살아가는 다문화 공간으로 열린사회’의 방법을 모색하는 모임이 결성되기도 했다.

도쿄에서는 지난해 연말 '재특회' 방해에도 불구하고 전국에서 모인 시민연대 200여명이 모여 '재특회'에 대한 항의 집회를 열기도 했다. '재특회'의 지난 12월 4일의 재일조선제1초급학교 습격 사건이후 교토에서는 600명을 넘는 전국 각지의 시민들이 모여 '재특회'의 만행에 강력히 대처하겠다는 결의와 항의가 이어졌다.

일본의 시민단체들의 활동도 눈에 띤다. 일본의 인권관련 NPO단체들은 '재특회' 회원들의 폭거를 규탄하고 ‘일본사회의 배외주의(背外主義)를 묻는다’는 슬로건을 내걸고 대응하고 있다. 조선학교 차별 긴급보고회 모임에 참석한 ‘도코이 시게루’ 변호사는 “재일조선인의 권리를 짓밟고 차별하는 이상 우리도 자유롭지 못하다. 재일조선인은 국제법상에 있어서도 보장되어야 할 존재이다”며 인종차별, 외국인 탄압을 반대하는데 앞장서 나갈 것이라고 말했다.

2009년 12월 18일에 일본의 양심적 언론으로 통하는 ‘도쿄 신문’에 “외국인 괴롭히기, 불만 터뜨리기(外國人いじめ,　不滿はけ口)”라는 제목으로 교토의 소란 상황이 자세히 보도되었다. 극우단체들이 이 신문을 폐간시키기 위한 행동을 개시할 것이라는 소문이 있는 상황에서도 ‘도쿄 신문’ 같은 살아있는 언론들로 인해 일본사회가 지탱되고 있는 것이다.

아사히신문은 3월, '재특회'관련 ‘일본의 신 보수’에 대해 3일에 걸쳐 르포 기사를 내 보내기도 했다. 이밖에 '재특회'의 폭력행위를 사전에 예방하기 위한 자원봉사 단체들도 활발히 움직이고 있다.

많은 일본의 지성인들은 ‘2005년 UN인권위원회 인종차별에 관한 특별보고서’에 나타난 바와 같이 일본정부가 스스로 비준한 인종차별 철폐 제4조에 따라 인종차별과 외국인 배척을 용인하거나 조장하는 공무원의 발언에 단호히 비난하고 반대해야 한다며 목소리를 높였다. 일본은 아직도 ‘인종차별금지법’을 제정하지 않고 있다.